Funkce a vlastnosti

Vytisknout

oCellaris je SW nástroj pro vyhodnocení změn v mikroskopických snímcích buněk. Hlavním výstupem je kvantifikace změn ve fluorescenčních obrazech a určení vnitrobuněčného pH. Program pracuje se sadou mikroskopických snímků, a to ve viditelné oblasti a ve fluorescenčním spektru. Ze snímku ve viditelné oblasti jsou získány přesné obrysy buněk, které jsou následně použity pro analýzu fluorescenčních obrazů.

 

V režimu měření granularity buněk je použita dvojice snímků ve viditelném a flouorescenčním spektru. Sada snímků pro měření vnitrobuněčného pH se skládá z obrázku ve viditelném spektru a z dvojice fluorescenčních obrázků, sejmutých na rozdílných vlnových délkách. Poměr intenzit jasu těchto dvou fluorescenčních snímků je pro vybrané buněčné kmeny závislý na vnitrobuněčnému pH. Pomocí kalibrační křivky, která je určena z průměrných poměrů jasů na až šesti sadách kalibračních snímků se známým pH, je potom možné určit pH jednotlivých buněk.

 

Pro každou buňku jsou spočítány tyto parametry:

  • Intenzita jasu fluorescence
  • Průměrná intenzita jasu fluroscence
  • Intezita difůzní fluorescence
  • Maximální intenzita fluorescence
  • Intenzita fluorescence lokalizovaná v granulích
  • Počet lokálních maxim (granulí)
  • Průměr a směrodatná odchylka výšky lokálních maxim (granulí)
  • Průměrná a směrodatná odchylka strmosti lokálních maxim (granulí)
  • Geometrické vlastnosti obrysu buňky (plocha, ekvivalentní průměr, obvod, kruhovitost, excentricita, pevnost)
  • Vnitrobuněčné pH (pouze v režimu měření pH)

Prohlížení jednotlivých buněk v mikroskopickém snímku online

  • Spočítané parametry buňky - zobrazeno v tabulce
  • 3D grafy intenzity jasu s možností zobrazit doplňkové údaje
  • Detekovaná lokální maxima (granule) intenzity jasu buňky
  • Kontury intenzity jasu - více způsobů zobrazení
  • Granularita intenzity jasu buňky
  • Energie intenzity jasu buňky
  • Tvar kalibrační křivky a poloha vybrané buňky (pouze v režimu měření pH)

Jednotlivé grafy lze tisknout nebo uložit ve standartních obrazových formátech.

Prohlížení statistiky nad sadou obrázků

Vypočítané mikroskopické snímky lze přiřadit do jedné ze čtyř předdefinovaných skupin a pro tyto skupiny zobrazit statistické údaje. 

Způsoby zobrazení statistických dat:

  • Histogram zvoleného parametru
  • Graf průměrných hodnot a směrodatných odchylek
  • 2D bodový graf - zobrazení vztahu mezi dvěma libovolně zvolenými parametry
  • Export statistik do souboru typu MS Excel

Jednotlivé grafy lze tisknout nebo uložit ve standartních obrazových formátech.

Thursday the 20th. Custom text here. Powered by 888poker review - All rights reserved.